个人所得税公司代扣代缴的比查询到的要多是合理合法的吗？

1这种情况肯定有问题。按规定预扣预缴的个人所得税应该与个人所得税APP系统预扣预缴个人所得税是完全一致的，不可能出现差额。因为预扣预缴的数据来自于扣缴单位预扣预缴申报信息。

2.如果出现差额，建议与预扣预缴单位财务人员沟通，了解产生差异的原因。实务中也发遇到有的企业可能预扣预缴个人所得税税款是按账面金额进行了账务处理，实际在个人所得税申报时按实际发放数进行申报，就是还有一部分并没有实际发放的部分个人所得税单位已经预扣了，还有的可能本身就是申报数据有问题，因此核实了解清楚是有必要的。

3.还有一种个人所得税代扣代缴的税款，如股息红利分配、财产转让所得等代扣代缴的个人所得税目前在个人所得税APP系统是无法查询的。目前个人所得税APP系统自然人可以查询的是工资薪金、劳务报酬、稿酬、特许权使用费四项综合所得预扣预缴的个人所得税信息。